В настоящее время сложились две тенденции в развитии усадьбы, тесно взаимосвязанные и вместе с тем, существующие как бы параллельно - упадок и разрушение памятников истории и культуры, заброшенность территории, оставшихся после вывода с территории ВИЭВ без надзора и тенденция возрождения объектов, переданных Правительством Москвы для музеефикации.
Первая тенденция приняла особенно угрожающий характер с начала 1980-х годов. В соответствии с распоряжением Совета министров СССР от 24.06.77 N 1412-р было принято решение о начале проектирования и строительства нового корпуса для ВИЭВ им.Я.Р.Коваленко на Рязанском проспекте и в 1981-83 годах строительство было начато. В соответствии с распоряжением, здания усадьбы после окончания строительства должны были быть переданы Мосгорисполкому. В 1987 году новое здание института было практически завершено, но из-за прекращения финансирования строительство не было закончено вплоть до 2004 года. В это время значительно снизилось финансирование деятельности института, который начал освобождать здания усадьбы и передавать их Мосгорисполкому - Конный двор, Ванный домик, Домик на плотине, комплекс зданий на Садоводстве, комплекс зданий на Слободке и др.
Таким образом начало происходить разделение собственности между городом Москвой и ВИЭВ им.Я.Р.Коваленко. Последствиями сложившейся ситуации стали разрушение уникальных памятников архитектуры, нарушение исторического ландшафта, нарушение природного и экологического баланса на территории. Многочисленные пожары уничтожали уникальные постройки усадьбы один за одним: Музыкальный павильон (1979), Ванный домик (1994), Домик на плотине (1996), Дача сенатора Полуденского с флигелем (1997). Погреба на красном дворе сгорели уже в 2004 году.
В течение 2004-2005 годов ВИЭВ им.Я.Р.Коваленко фактически полностью прекратил научную деятельность на территории усадьбы и перевел все свои лаборатории в новое здание на Рязанском проспекте. Освободившиеся здания и помещения усадьбы были переданы различным организациям в аренду. В настоящее время их состояние с трудом поддерживается в режиме эксплуатации. Часть уникальных памятников архитектуры заброшены, отключены от коммуникаций и разрушаются. В настоящее время на территории центральной части усадьбы существует ряд недавно построенных объектов, не являющихся памятниками архитектуры, часть из которых оформлена как собственность частных организаций.
Вторая тенденция - к возрождению усадьбы Кузьминки отчетливо проявилась в середине 1990-х годов - с реставрации и освящения Храма Влахернской иконы Божией Матери, начался новый период реставрации и возрождения усадьбы.
Основными вехами стали этапы создания музейных объектов на территории комплекса. Средствами Правительства города Москвы и Префектуры ЮВАО возвращено к новой жизни и передано Государственному учреждению культуры города Москвы "Музейное объединение "Музей истории Москвы" здание Служительского флигеля на Тополевой аллее (1999 год), Восточного и Западного классических флигелей (2001 год) и Конного двора (2001-2005 годы).
По заказу Комитета по культурному наследию города Москвы в 2005 году проведена реставрация "Горбатого мостика" и "Гротов".
В настоящее время за счет средств городской программы "Венок русских усадеб" ведется реставрация объектов - "Птичник" и "Ванный домик". Завершение работ по этим объектам намечено на 2006-2007 годы.
Префектура ЮВАО и управы районов Кузьминки, Выхино-Жулебино и Люблино за последние 10 лет привели в порядок центральную часть территории усадьбы.
Результатом двух вышеуказанных тенденций стало существование различных пользователей исторических и современных зданий и построек на территории усадьбы. Полная информация о пользователях на территории усадьбы изложена в приложении N 1.
Разделение между московской и федеральной собственностью в усадьбе привело к невозможности возрождения усадебного комплекса в настоящее время и препятствует решению ряду важнейших задач. Сложившаяся ситуация и отсутствие одного хозяина на территории не позволяет осуществить комплексную реставрацию памятников архитектуры, реставрацию и воссоздание исторических ландшафтов, реконструкцию изношенных коммуникаций и сетей, находящихся в аварийном состоянии, препятствует созданию административной структуры, необходимой для осуществления управления исторической территорией в целях совершенствования музейно-просветительной функции.