Название "Измайлово" произошло от фамилии бояр Измайловых, владельцев местности в XIV веке. Как административное образование данная территория в то время являлась частью Васильцева Стана Московского уезда.
Первые упоминания об Измайлове относятся к 1573-1574 годам, когда село на правах вотчины было пожаловано Иваном Грозным Никите Романовичу Захарьину-Юрьеву, младшему брату его первой жены - царицы Анастасии.
В Смутное время с целью защиты Москвы "от воровских людей" в Измайлове был поставлен острог.
До 1654 года здесь находится родовая вотчина бояр Романовых.
С середины 1663 года Измайлово становится административным и планировочным центром загородной хозяйственной вотчины царя и переживает время своего расцвета.
Основой усадьбы стал сохранившийся до настоящего времени "Государев двор". В 1667 году по приказу царя Алексея Михайловича русло р.Серебрянки было запружено, в результате чего из двух прудов - Виноградного и Серебряного с системой каменных и земляных плотин было образовано водное кольцо с островом посередине. На острове разместился дворцовый комплекс, представлявший в плане прямоугольник с большим замкнутым внутренним двором и с размещенным в центре деревянным "в два жилья" царским дворцом.
В 1678 году рядом с дворцом расположилась двухэтажная церковь царевича Иоасафа. Домовый храм соединялся с дворцом брусяным переходом, к его западному фасаду примыкала ярусная колокольня. Церковь была разрушена в 1937 году, однако, сохранившиеся обмерные чертежи и фотографии являются надежным источником для ее воссоздания.
Напротив Государева двора, на месте деревянной шатровой церкви, в 1671-1679 годах был построен каменный пятиглавый Покровский собор. Перед собором была устроена парадная площадь, на восточной границе которой расположился Государев двор.
В начале 1670-х годов возведен четырнадцатипролетный каменный мост через Серебряный пруд, который являлся главным въездом на Остров через Мостовую башню. Это было редкое для своего времени инженерное сооружение - его длина составляла 106,5 м, а ширина - 10,65 м.
Композиционной осью всего Измайловского ансамбля являлась долина реки Серебрянки, вдоль которой размещались садовые и хозяйственные участки вотчины. Общую живописность композиции усиливали большие водные поверхности прудов с естественными очертаниями берегов. На острове были произведены аллейные посадки лип; на отдельных участках усадьбы организованы лиственничные и березовые рощи и аллеи. В лесном массиве усадьбы были созданы сады; организован зверинец.
Начало экономического развития Измайлово положено в 1663 году, когда царь Алексей Михайлович стал переселять сюда крестьян из других волостей. Целью переселения являлось создание в Измайлово на площади около 2000 десятин образцового "сельскохозяйственного" центра, в том числе ставились задачи усовершенствования и акклиматизации в Подмосковье южных культур, то есть вводились новые, зачастую опережающие европейский опыт, типы хозяйствования:
- прудовое - целая цепочка прудов по реке Серебрянка с разведением рыбы,
- лесное - с первыми попытками интродукции (лиственница, кедр и др. - введение новых культур),
- шелковичное - тутовый сад,
- лекарственных растений - аптекарский огород,
- огородное с испытанием новых сельскохозяйственных растений - просянский сад,
- зоологическое - волчий двор (держали медведей, зайцев, косуль) и т.д.
Проводились опыты по выращиванию экзотических растений: шелковичных деревьев, миндаля, роз. Сады и огороды снабжались ирригационными системами, связанные с этим процессы механизировались. На полях усадьбы создавались "смотрительные башни", на р.Серебрянке - многочисленные плотины с водяными мельницами.
Прообразом приусадебных мануфактур становятся винный и Измайловский стекольный (1668 год) заводы. Большое хозяйство требовало большого числа служебных зданий. Строительство хозяйственных сооружений было в основном закончено к 1676 году.
С Измайлово связаны детские и юношеские годы Петра I. В мае 1688 года, будучи на Измайловском льняном дворе, шестнадцатилетний Петр нашел в амбаре старый английский бот, который "яко семя плодоносное" явилось для российского флота. Петр велел именовать Измайлово "Колыбелью российского флота", а сам ботик - "дедушкой российского флота". При Петре I в Измайлово строится "потешная крепость" и проводятся маневры первых русских гвардейских полков. Система Измайловских "потешных" боевых укреплений стала прообразом знаменитой фортовой крепости Петра, осуществленной при строительстве Кронштадта.
Несмотря на ту роль, которую Измайлово сыграло в становлении Петра I, именно при нем начался упадок этой царской вотчины и как хозяйственного комплекса, и как охотничьих угодий. Отчасти этому способствовал перенос столицы из Москвы в Санкт-Петербург.
В 1728-1729 годах в Москву переехал двор Петра II. Императрица Анна Иоанновна провела в Измайлово свое детство; затем долго жила здесь, заведя обширный зверинец с птицами разных пород.
В 1745 году для императрицы Елизаветы В.Растрелли построил в районе Просянского сада "деревянный дворец на каменных погребах с сорока апартаментами". Также для императрицы Елизаветы, увлекающейся охотой, была построена специальная дорога, обсаженная березами, соединявшая Измайлово с селом Перово, однако существенных ремонтных работ в вотчине в данной период не проводилось.
В 1765 году при императрице Екатерине II дворец обветшал до такой степени, что дворцовая канцелярия определила сломать его. В период с 1767 по 1769 год разбирается каменный мост через Серебряный пруд.
При императоре Николае I на Измайловском острове по проекту архитектора К.А.Тона создается Николаевская военная богадельня (для инвалидов Отечественной войны 1812 года и Кавказских войн) - к Покровскому собору пристраиваются три корпуса, к восточным воротам "Государева двора" - несколько служебных помещений.
В 1850-е годы было проведено благоустройство территории. У главных корпусов устроены газоны, проложены дорожки. В центре газона перед западным фасадом Покровского собора установлен чугунный фонтан, а у входа на мост - триумфальная арка чугунного литья по проекту К.А.Тона.
В 1855-1859 годах по проекту М.Д.Быковского на месте дворца построен корпус для 200 инвалидов, получивший название "Офицерского". В эти же годы возведен у главного северного корпуса так называемый "Комендантский дом". На месте бывшего Просянского сада в 1865 году Императорским Русским обществом были устроены образцовый пчельник и шелководня. Здание было выполнено в псевдорусском стиле по проекту архитектора П.С.Кампиони (здание не сохранилось).
Позже, в 1880-е годы, по проекту английского инженера был построен железобетонный выставочный павильон, имеющий в плане очертания пчелы. В 1910 году было построено кирпичное здание курсов пчеловодов. (Здания не сохранились.)