1. Правильность распределения налоговой базы и исчисления налога на прибыль по обособленным подразделениям проверяется налоговым органом по месту нахождения налогоплательщика. Документы, подтверждающие правильность исчисления и уплату налога на прибыль с налоговой базы переходного периода, организация должна представить по месту нахождения налогоплательщика-организации (письмо МНС России от 15.10.2002 N 02-4-10/680-АН226).
2. Представление деклараций по налогу на прибыль по месту нахождения обособленных подразделений организаций не ставится в зависимость от ведения или отсутствия предпринимательской деятельности конкретными обособленными подразделениями организации, содержания их за счет прибыли и т.п. Требование налогового органа о представлении декларации по налогу на прибыль по месту нахождения обособленного подразделения (в частности, спортивно-оздоровительного центра), финансируемого согласно смете расходов за счет прибыли головной организации, является правомерным (письмо МНС России от 30.05.2003 N 02-1-16/58-У917).
3. Для расчета удельного веса среднесписочной численности работников, применяемого согласно ст.288 НК РФ для определения доли прибыли, приходящейся на обособленные подразделения налогоплательщика, следует применять фактическую среднесписочную численность работников, исчисленную согласно п.5.1 раздела II Инструкции по заполнению организациями сведений о численности работников и использовании рабочего времени в формах государственного статистического наблюдения, утвержденной постановлением Госкомстата России от 07.12.98 N 121 за последний месяц отчетного периода (письмо МНС России от 29.11.2002 N 02-4-08/767-АП075).
4. Налоговая база исчисляется налогоплательщиком исходя из всех доходов и расходов, полученных (произведенных) налогоплательщиком, в т.ч. и с учетом доходов и расходов структурных подразделений налогоплательщика. Следовательно, расходы, осуществленные филиалами организации, являющимися ее структурными подразделениями, учитываются при определении налоговой базы самого налогоплательщика. Если филиал создается в рамках деятельности, по которой налогоплательщиком уже получены доходы, то расходы, связанные с созданием подобного филиала, будут учитываться в периоде осуществления подобных расходов; при этом следует учитывать, что расходы, связанные с изготовлением, сооружением объектов основных средств, формируют первоначальную стоимость указанных объектов (письмо МНС России от 15.05.2003 N 02-5-10/49-С656).
5. Если на территории муниципального образования организация имеет обособленные подразделения, которые состоят на налоговом учете в разных налоговых органах этого муниципального образования, то организации следует производить уплату налога и представлять декларации по налогу на прибыль в объеме титульного листа и приложения 5а по обособленным подразделениям в налоговый орган по месту их постановки на учет (письмо МНС России от 27.10.2003 N 02-1-16/100-АМ968).