В системе органов исполнительной власти города Москвы управление Программой и координация работ по развитию интеграции осуществляются Департаментом продовольственных ресурсов города Москвы во взаимодействии с другими органами городского и территориального управления, соответствующими службами, предприятиями и коммерческими структурами Москвы.