Реализация мероприятий Программы осуществляется за счет средств бюджета города Москвы, в т.ч.:
- Подпрограмма 1 "Разработка перспективных технологий в рамках крупных межвузовских проектов в системе "Вузы - Наука - Производство - Рынок" финансируется в 2007-2008 годах из средств Программы прикладных научных исследований и проектов в интересах города Москвы на 2006-2008 годы, "Подпрограмма 7 "Инфраструктура и адресная поддержка науки", Программа шифр 7.1, раздел "Разработка перспективных технологий в рамках крупных межвузовских проектов".
- Подпрограмма 2 "Развитие инновационно-образовательной деятельности" финансируется из средств городского бюджета, выделяемых на оказание финансовой помощи государственным высшим учебным заведениям федерального подчинения.
- Подпрограмма 3 "Участие системы высшего образования в решении социальных и культурных задач города" финансируется из средств городского бюджета, планируемых на выполнение программ "Молодежь Москвы" и "Спорт Москвы 2".