В целях координации Программы, согласования планов-графиков реализации программных мероприятий с повседневной оперативно-хозяйственной деятельностью юридических лиц, участвующих в Программе, координации с другими проектами города Москвы и Московской области, влияющими на характер мероприятий или объемы финансирования Программы, создается управляющая структура, состоящая из государственного учреждения города Москвы "Московские авиационные услуги" (ГУ "МАУ") и управляющей компании.
Контроль и надзор за реализацией Программы осуществляют государственный заказчик - координатор Программы в лице Департамента транспорта и связи города Москвы, а также государственные заказчики - распорядители бюджетных средств в соответствии со своими полномочиями.
ГУ "МАУ" осуществляет управление мероприятиями по формированию государственного сегмента собственности по Программе, ведет надзор и контроль за управлением государственным имуществом, вовлекаемым в Программу или создаваемым в процессе реализации мероприятий, по поручению государственных заказчиков Программы собирает и обрабатывает данные о ходе реализации Программы для подготовки отчетов и ее своевременной коррекции в соответствии с установленным Правительством Москвы порядком.