Программа рассчитана на пять лет, ее выполнение предусмотрено в три этапа:
первый этап (2006-2007 годы) - завершение в основном действующих программ и подпрограмм по обеспечению безопасности города, интеграция ведомственных систем, связанных с обеспечением безопасности города на основе научно-технической политики, реализованной в СОБГ, создание правовой базы и формирование отдельных субъектов системы профилактики правонарушений всех уровней, включая муниципальные образования;
второй этап (2007-2008 годы) - развертывание комплексной системы мониторинга и обеспечения безопасности критически важных объектов и особо опасных грузов на территории города; создание единой системы профилактики правонарушений всех уровней, включая муниципальные образования;
третий этап (2009-2010 годы) - воссоздание единой системы профилактики правонарушений в целом, развитие и наращивание возможностей системы комплексной безопасности города.
При этом этапы и ориентировочные сроки выполнения Программы непосредственно связаны и зависят от получившего развитие сценария возможного хода ее выполнения.