Общее руководство деятельностью Совета старейшин осуществляется Мэром Москвы, а непосредственное - председателем Совета старейшин, назначаемым Мэром Москвы.
Председатель Совета старейшин имеет трех заместителей.
В составе Совета старейшин формируются рабочие группы из 4-5 членов Совета старейшин по отраслевому принципу.
Организационно-методическую работу Совета старейшин, подготовку его заседаний, материалов и заключений осуществляет секретариат Совета старейшин.
Все вопросы, вносимые на заседания Совета старейшин, рассматриваются коллегиально, рекомендации и заключения Совета старейшин принимаются простым большинством голосов.