Государственным заказчиком Программы и ее координатором является Комитет межрегиональных связей и национальной политики города Москвы, который осуществляет управление реализацией Программы.
В соответствии с Законом города Москвы от 11.07.2001 N 34 "О государственных целевых программах в городе Москве", постановлением Правительства Москвы от 11.01.2005 N 3-ПП контроль за ходом реализации Программы осуществляет Правительство Москвы, Координационный совет по реализации Программы.
Государственный заказчик-координатор Программы: Комитет межрегиональных связей и национальной политики города Москвы, а также государственные заказчики Программы: Департамент образования города Москвы, Департамент международных связей города Москвы, Комитет по делам семьи и молодежи города Москвы, Комитет по культуре города Москвы, Комитет по телекоммуникациям и средствам массовой информации города Москвы, Комитет физической культуры и спорта города Москвы, префектуры административных округов - несут всю полноту ответственности за реализацию Программы, проведение в установленные сроки мероприятий Программы и целевое использование выделенных на реализацию Программы бюджетных средств. В связи с отсутствием точных методик, достоверно оценивающих состояние межнациональных отношений, для определения результативности реализации Программы используются социологические опросы по определению степени распространенности негативных этноконтактных установок в обществе. Данные опросы будут проводиться независимыми организациями. Программа и форма социологических опросов будет согласовываться Комитетом межрегиональных связей и национальной политики города Москвы.
Государственный заказчик-координатор Программы представляет Департаменту экономической политики и развития города Москвы и Департаменту финансов города Москвы: ежегодно до 1 марта отчет о выполнении Программы с указанием причин срыва сроков намеченных мероприятий и несоответствия результатов финансовым затратам, а также предложения о наказании руководителей подразделений, ответственных за выявленные нарушения; до 1 апреля года, предшествующего планируемому, заявки на финансирование целевых программ по установленной форме.