Текущий контроль и представление этапных и итоговых результатов выполнения программы на рассмотрение Правительства Москвы осуществляет Департамент здравоохранения города Москвы.
Система контроля за проведением диспансеризации является многоуровневой и включает в себя ответственность начальников управлений здравоохранения административных округов за работу в округе, главных специалистов Департамента за методологию проведения мероприятий по проведению диспансеризации, главных врачей ЛПУ за полноту и качество обследований. Департамент здравоохранения осуществляет полный контроль и координацию всего комплекса мероприятий по диспансеризации населения Москвы.