Заказчиком настоящей программы является Департамент здравоохранения города Москвы, реализация планируемых мероприятий обеспечивается Департаментом здравоохранения. Процесс управления программой предполагает этапную оценку результатов реализации программы Департаментом здравоохранения, главными профильными специалистами, управлениями здравоохранения административных округов, ежегодное представление отчета по программе в Департамент экономической политики и развития города Москвы и Управление координации деятельности Комплекса социальной сферы города Москвы.