День Москвы-реки проводится под патронажем Правительства Москвы.
Организаторами проведения Дня являются Департамент транспорта и связи города Москвы, Департамент жилищно-коммунального хозяйства и благоустройства города Москвы, транспортно-промышленная группа "Московское речное пароходство", иные привлеченные организации.