Экологический мониторинг осуществляется на основе следующих принципов:
1) гласность мероприятий, проводимых в области государственного экологического мониторинга, с учетом соблюдения требований законодательства о государственной и иной специально охраняемой тайне;
2) гласность, полнота, точность и достоверность информации о состоянии окружающей среды, его изменении;
3) совместимость данных экологического мониторинга, осуществляемого на территории города Москвы, с данными других информационных систем;
4) единство и сопоставимость методов измерений (наблюдений), сбора, хранения, оценки, анализа данных экологического мониторинга и прогноза состояния окружающей среды;
5) научная обоснованность, системность и комплексность подхода к осуществлению экологического мониторинга;
6) презумпция экологической опасности планируемой хозяйственной и иной деятельности;
7) непрерывность и оперативность осуществления экологического мониторинга;
8) несовместимость функций осуществления государственного экологического мониторинга и функций хозяйственного использования природных ресурсов.