Регион расположен на водосборной площади реки Пахры, впадающей в реку Москву ниже города и не входит в ее водоотводящую систему. В то же время территория районов входит в состав города Москвы, и проблема восстановления расположенных на территории региона рек рассматривается в рамках Программы.
Общая протяженность рек, расположенных в регионе - 26,2 км, из которых только 3,3 км заключены в трубы. Речная сеть региона не сильно затронута процессами урбанизации, в связи с поздней застройкой региона.
Основной рекой региона является река Битца, на территории Ю.Бутово протекают реки: Цыганка с притоками и Гвоздянка.
На территории региона находится 50 прудов.
Основной задачей восстановления является, сохранение естественной речной сети с элементами ее природоприближенной реконструкции и восстановлением нарушений, образовавшихся при строительстве, а также реновация значительного количества существующих прудов. Кроме того, для достижения нормативного качества воды должно быть построено достаточное количество очистных сооружений на трубопроводах, предотвращающих загрязнение поверхностных вод.
Ниже показаны предложения по зонированию речных долин по типам инвестирования для проведения реабилитации.