Контроль над деятельностью Комитета осуществляет Правительство Москвы. Комитет представляет бухгалтерскую и статистическую отчетность в установленном порядке и определенные сроки. Ревизию деятельности Комитета осуществляют уполномоченные Правительством Москвы органы, а также организации, которым это право предоставлено в соответствии с действующим законодательством.