Общий контроль за выполнением программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области, курирующий социальные вопросы.
Для осуществления оперативного контроля руководители учреждений и служб, участвующих в программе, представляют ежеквартально в комитет по здравоохранению Ленинградской области сведения о выполнении мероприятий и финансировании программы. Комитет по здравоохранению Ленинградской области ежеквартально направляет информацию о ходе финансирования и выполнения мероприятий программы в Ленинградский областной фонд обязательного медицинского страхования.