Руководство и контроль за деятельностью Комиссии осуществляется префектурой административного округа города Москвы, а также Административной комиссией при Правительстве Москвы по делам об административных правонарушениях.
Комиссия представляет отчеты о проделанной работе в установленном порядке.
Ревизию деятельности Комиссии осуществляют уполномоченные префектурой административного округа города Москвы органы, а также организации, которым это право предоставлено в соответствии с законодательством.
Методологическое обеспечение деятельности Комиссии осуществляет Административная комиссия при Правительстве Москвы по делам об административных правонарушениях.