Организация управления и контроль за реализацией подпрограммы осуществляются по аналогии с Программой.
Общий контроль за реализацией подпрограммы осуществляется Управлением по работе с органами обеспечения безопасности Правительства Москвы.
Городские заказчики и исполнители мероприятий подпрограммы несут ответственность за их качественное и своевременное выполнение, рациональное использование финансовых средств и ресурсов, выделяемых на ее реализацию.
Ответственные исполнители мероприятий подпрограммы, указанные в графе "Исполнитель" раздела "Система программных мероприятий" первыми, представляют в Управление по работе с органами обеспечения безопасности Правительства Москвы к 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2003 года,10 января, 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2004 года, 10 января, 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2005 года, 10 января 2006 года ежеквартальные по нарастающей отчеты о ходе работы по их выполнению.
Предварительно соисполнители представляют ответственным исполнителям отчеты о выполнении программных мероприятий по своей специализации.
Для координации деятельности по выполнению программных мероприятий и подготовки отчетов ответственные исполнители вправе образовывать межведомственные рабочие группы.
При отсутствии финансирования мероприятий подпрограммы городские заказчики и исполнители по согласованию с городским заказчиком-координатором вносят в Правительство Москвы предложение об изменении сроков их выполнения или снятии с контроля.
Ход и результаты выполнения мероприятий подпрограммы могут рассматриваться на заседаниях Правительства Москвы с заслушиванием отчетов руководителей органов исполнительной власти города, городских заказчиков и исполнителей подпрограммы.