Общий контроль за реализацией Программы осуществляется Управлением по работе с органами обеспечения безопасности Правительства Москвы.
Исполнители мероприятий, указанные в графе "Исполнитель" раздела "Основные программные мероприятия" первыми, могут создавать межведомственные группы, работу которых они организуют и контролируют с представлением отчетов в установленные сроки.
Государственные заказчики и исполнители мероприятий Программы несут ответственность за их качественное и своевременное выполнение, рациональное использование финансовых средств и ресурсов, выделяемых на реализацию Программы.
При отсутствии финансирования мероприятий Программы государственные заказчики и исполнители по согласованию с государственным заказчиком-координатором вносят в Правительство Москвы предложения об изменении сроков их реализации либо снятии с контроля.
Организации и учреждения, ответственные за выполнение мероприятий, представляют в Управление по работе с органами обеспечения безопасности Правительства Москвы к 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2003 года, 10 января, 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2004 года, 10 января, 10 апреля, 10 июля, 10 октября 2005 года, 10 января 2006 года ежеквартальные по нарастающей отчеты о ходе работы.
Отчеты о ходе выполнения мероприятий соисполнителями представляются в правоохранительные органы и ведомства, указанные в графе "Исполнитель" раздела "Основные программные мероприятия" первыми.
Ход и результаты выполнения мероприятий Программы могут быть рассмотрены на заседаниях Правительства Москвы с заслушиванием отчетов руководителей органов исполнительной власти, государственных заказчиков и исполнителей Программы.