Оперативное управление осуществляет Департамент ФГСЗН по Ленинградской области, который информирует Минтруда России и Правительство Ленинградской области о ходе реализации программных мероприятий один раз в полугодие. Ежеквартально в Минтруда России представляются финансовые отчеты, а в Правительство Ленинградской области - информация по объемам и направлениям финансирования из федерального бюджета.
Контроль за реализацией Программы осуществляет Департамент ФГСЗН по Ленинградской области, вице-губернатор - председатель комитета по экономике и инвестициям Правительства Ленинградской области.