2.1. Реализация государственной политики в области охраны здоровья населения Москвы и других граждан, находящихся на ее территории, в пределах компетенции и прав, предоставленных Департаменту Правительством Москвы.
2.2. Изучение состояния здоровья населения, разработка приоритетных направлений и городских программ по охране здоровья и лекарственному обеспечению населения города.
2.3. Совершенствование организации медицинской помощи, повышение эффективности использования ресурсов здравоохранения города.
2.4. Создание необходимых условий для удовлетворения потребности населения города и лечебно-профилактических учреждений в лекарственных средствах, изделиях медицинского назначения и медицинской технике.
2.5. Организация контроля за реализацией городских программ медицинской помощи, обеспечением населения гарантированным уровнем бесплатной (льготной) медицинской и лекарственной помощи, соблюдением требований по защите прав потребителей медицинских, фармацевтических и медико-социальных услуг.
2.6. Руководство деятельностью и финансирование территориальных органов управления здравоохранением и подведомственных учреждений.
2.7. Разработка общегородских нормативов и стандартов в области охраны здоровья населения.
2.8. Развитие сети учреждений здравоохранения и аптечных предприятий.
2.9. Содействие развитию медицинских и фармацевтических предпринимательских структур.
2.10. Подготовка и переподготовка медицинских и фармацевтических кадров.
2.11. Обеспечение контроля за целевым использованием бюджетных ассигнований, внебюджетных средств, в том числе средств обязательного медицинского страхования, основных и оборотных фондов, материальных запасов, малоценных и быстро изнашивающихся предметов в государственных учреждениях и на предприятиях, а также за финансово-хозяйственной деятельностью городских аптечных предприятий в условиях рыночной экономики.
2.12. Взаимодействие и координация работы с федеральными органами управления, городскими организациями, учреждениями и службами, профсоюзными, общественными и религиозными объединениями, другими организациями и ведомствами по выполнению мероприятий, обеспечивающих охрану здоровья населения, и другим вопросам, относящимся к компетенции Департамента.
2.13. Организация научно-исследовательских работ и опытных разработок по приоритетным направлениям охраны здоровья населения города и контроль за их использованием в практике городского здравоохранения.
2.14. Разработка и участие в реализации программ социальной защиты медицинских и фармацевтических работников.
2.15. Участие в развитии внешнеэкономических связей международного, межрегионального и межведомственного сотрудничества, направленных на удовлетворение населения в медицинских и фармацевтических услугах.
2.16. Выполнение государственных мероприятий по оборонным вопросам здравоохранения.
2.17. Решение иных вопросов в области охраны здоровья и фармацевтического обеспечения населения города, относящихся к компетенции Департамента.