Основными задачами Департамента являются:
2.1. Формирование единой городской природоохранной политики, направленной на улучшение экологической обстановки и обеспечение экологической безопасности в городе Москве.
2.2. Участие в совершенствовании и развитии природоохранного законодательства в целях создания эффективных правовых механизмов регулирования в области охраны окружающей природной среды и природопользования, анализ федерального законодательства и законодательства города Москвы в области природопользования и охраны окружающей среды.
2.3. Участие в совершенствовании правоприменительной практики на территории города Москвы в сфере выявления, пресечения и предупреждения нарушений природоохранного законодательства.
2.4. Разработка и внедрение экономических механизмов охраны окружающей природной среды в целях стимулирования рационального природопользования.
2.5. Организация и обеспечение управления ООПТ регионального значения на территории города Москвы.
2.6. Организация и обеспечение контроля за соблюдением экологических требований при размещении, проектировании, строительстве, реконструкции, вводе в эксплуатацию, консервации и ликвидации зданий, строений, сооружений и иных объектов.
2.7. Защита зеленых насаждений при осуществлении градостроительной и иных видов хозяйственной деятельности на территориях города Москвы и контроль за их содержанием.
2.8. Разработка и реализация природоохранных программ и отдельных природоохранных мероприятий на территории города Москвы.
2.9. Организация и осуществление в пределах своей компетенции государственного экологического мониторинга в городе Москве.
2.10. Осуществление в пределах своей компетенции государственного экологического контроля.
2.11. Организация и развитие в пределах своих полномочий экологического аудита и экологической сертификации в городе Москве, контроль за деятельностью организаций, осуществляющих экологический аудит в городе Москве.
2.12. Обеспечение населения достоверной информацией в области охраны окружающей среды.
2.13. Организация экологического воспитания, образования и формирования экологической культуры.
2.14. Организация взаимодействия с органами государственной власти Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, органами исполнительной власти города Москвы, префектурами административных округов, управами районов и структурными подразделениями Правительства Москвы, органами местного самоуправления, органами внутренних дел, прокуратуры и иными органами по вопросам проведения единой политики в области охраны окружающей среды на территории города Москвы.
2.15. Изучение, обобщение опыта других субъектов Российской Федерации, опыта зарубежных стран по вопросам природопользования и охраны окружающей среды, подготовка предложений по его использованию.
2.16. Разработка и реализация предложений по финансовому обеспечению экологической политики и городских программ по охране окружающей среды, улучшению экологической обстановки в городе Москве.
2.17. Организация методического, технического, в том числе лабораторного обеспечения реализации функций, возложенных на Департамент.
2.18. Организация и проведение государственной экологической экспертизы объекта регионального уровня, осуществление контроля за соблюдением законодательства об экологической экспертизе в пределах своей компетенции.
2.19. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в области водных отношений.
2.20. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в сфере недропользования.
2.21. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в области охраны, воспроизводства и использования объектов животного мира и среды их обитания на территории города Москвы.
2.22. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в области охраны и рационального использования городских почв.
2.23. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в области охоты и сохранения охотничьих ресурсов.
2.24. Осуществление в пределах своей компетенции полномочий в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов (пункт дополнительно включен с 12 июля 2011 года постановлением Правительства Москвы от 28 июня 2011 года N 284-ПП).