Управление реализацией Комплексной программы осуществляют:
- головной координатор (Государственный заказчик), функции которого возлагаются на Департамент науки и промышленной политики Правительства Москвы;
- координаторы приоритетных направлений финансовой поддержки в составе Комплексной программы, функции которых возлагаются на Комитет по реформированию оборонных предприятий, расположенных в Москве (КРОП), Московский Комитет по делам о несостоятельности (банкротстве) - МКН.
Государственный заказчик:
- организует выполнение Комплексной программы в целом и координирует действия ее участников;
- принимает решение об организации проведения конкурсов на размещение средств городского бюджета для предоставления поддержки организациям промышленности;
- заключает государственные контракты (договоры) с участниками (исполнителями) проектов и мероприятий Комплексной программы, а также договоры с привлекаемыми независимыми экспертами;
- осуществляет контроль и несет ответственность за реализацию Комплексной программы в целом, выполнением в установленные сроки ее мероприятий и целевым использованием выделенных на ее реализацию средств городского бюджета;
- ежегодно осуществляет подготовку аналитической информации Мэру Москвы о ходе реализации Комплексной программы и предложения по повышению эффективности осуществляемых мероприятий.
Координаторы приоритетных направлений финансовой поддержки:
- участвуют в организации выполнения Комплексной программы и осуществляют координацию действий участников программы в пределах полномочий по регулированию промышленной деятельности курируемых организаций;
- предоставляют Государственному заказчику сведения о результатах реализации соответствующих проектов и мероприятий Комплексной программы в установленные сроки, целевом использовании выделенных средств городского бюджета;
- готовят предложения по составу конкурсных комиссий и экспертов для отбора курируемых проектов и мероприятий;
- осуществляют контроль и несут ответственность за реализацию соответствующих проектов и мероприятий Комплексной программы в пределах своих полномочий.
В своей деятельности органы управления реализацией Комплексной программы взаимодействуют с органами исполнительной власти г.Москвы, участниками Комплексной программы, Московской городской Думой, органами исполнительной власти Российской Федерации, общественными объединениями и другими организациями.