3.1. Работы, представленные на соискание премии молодым ученым города Москвы, после предварительного просмотра, оформления и систематизации организатором конкурса передаются для их научной оценки в соответствующие экспертные секции Научно-экспертного совета Правительства Москвы по научной, научно-технической и инновационной деятельности (НЭС), состав которых утверждается председателем НЭС, назначаемым постановлением Правительства Москвы.
3.2. Экспертные секции НЭС правомочны принимать решения, если на заседании присутствует более половины списочного состава экспертной секции. Решения экспертных секций считаются принятыми, если они получили простое большинство голосов присутствующих членов секции НЭС.
3.3. Решения экспертных секций НЭС по вопросам рекомендации работ к присуждению премий молодым ученым города Москвы принимаются тайным или открытым голосованием по решению экспертной секции НЭС. В бюллетень для тайного голосования включаются работы, отобранные экспертной секцией НЭС.
3.4. Голосование проводится одновременно по всем работам. Член экспертной секции НЭС может голосовать только за одну из работ, внесенных в бюллетень или поставленных на открытое голосование. Бюллетень без отметок или с отметками "рекомендовать" более чем за одну из работ считается недействительным. Если при голосовании ни одна работа не получила необходимого числа голосов, экспертная секция НЭС вправе провести повторное голосование только один раз, указав это в протоколе. В бюллетень для повторного голосования не включаются работы, получившие при первом голосовании менее 1/3 голосов списочного состава экспертной секции НЭС.
3.5. По результатам голосования экспертная секция НЭС отбирает не более трех работ, получивших наибольшее количество голосов, для рекомендации на присуждение премий молодым ученым города Москвы.