Аппарат Думы возглавляет руководитель аппарата Думы. Должность руководителя аппарата Думы является государственной должностью города Москвы. Руководитель аппарата назначается на вакантную должность большинством голосов от числа избранных депутатов Думы.
Должность считается вакантной в случае ее освобождения по собственному желанию руководителя аппарата или в результате выраженного руководителю аппарата недоверия большинством голосов от числа избранных депутатов Думы, а также в случае продолжительной (не менее 4 месяцев) невозможности выполнения им своих обязанностей.