Управление Программой возглавляет Комитет общественных и межрегиональных связей Правительства Москвы, который осуществляет контроль за ходом ее выполнения, оказание содействия исполнителям в своевременном выполнении программных мероприятий, проводит оценку эффективности выполняемых работ, согласование выполнения Программы с другими программами, связанными с охраной труда.
Государственным заказчиком Программы является Правительство Москвы.
Оперативное управление Программой осуществляет Отдел условий и охраны труда Комитета общественных и межрегиональных связей Правительства Москвы.
Для реализации Программы привлекаются ведущие научно-исследовательские организации в области охраны труда.
Объемы финансирования по соответствующим мероприятиям Программы определяются договорами, заключаемыми Комитетом общественных и межрегиональных связей Правительства Москвы с организациями-исполнителями.