Органом управления реализацией программы является Администрация ТЕОС "ОЭЗ "Зеленоград" в рамках ее полномочий.
Контроль за исполнением программы осуществляет префект Зеленоградского административного округа совместно с Департаментом науки и промышленной политики Правительства Москвы.