Контроль за деятельностью органов управления, управлением и использованием территории ТЕОС "ОЭЗ "Зеленоград" и объектов, расположенных на данной территории, а также финансовыми средствами осуществляют Правительство Москвы, Московская городская Дума, Контрольно-счетная палата Москвы, а также контрольные органы города Москвы в соответствии с их компетенцией, префект Зеленоградского административного округа.