Системность - рассмотрение существующих проблем с точки зрения их причинно-следственных связей и отношений, поиск и выбор оптимального варианта для их решения, сбалансированность применяемых методов анализа, определение круга исполнительных органов и организаций, привлекаемых к решению проблем, и ответственных за принимаемые рекомендации и решения, обеспечивая при этом функциональную взаимосвязанность всех элементов городской инфраструктуры науки.
Комплексность - сочетание отраслевого и функционального принципов построения Программы, направленных как на решение ключевых проблем развития базовых отраслей экономики города и развития ее инфраструктуры, так и проблем городского хозяйства в рамках городских целевых программ; обеспечение взаимодействия всех исполнителей: Правительство Москвы - департаменты и комитеты - научные организации и предприятия города.
Целенаправленность - предусматривает целевой характер и адресное предоставление мер государственной поддержки в рамках государственного заказа на производство научно-технической продукции и реализацию целевых городских программ.
Конкурсность - обеспечение равных прав и возможностей научных организаций при получении городского заказа. Интерактивность - рассмотрение вопросов развития науки как комплексной системы "сигналов рынка" и адекватной реакции городской системы управления наукой.
Эффективность - направленность на получение экономического и других видов эффекта, обосновывающих разработку проектов и обеспечивающих возвратность бюджетных ресурсов.