Контроль за деятельностью органов управления ТЕОС "Водный стадион", управлением и использованием территории ТЕОС и объектов, расположенных на территории ТЕОС, а также финансовыми средствами ТЕОС осуществляют Правительство Москвы, Московская городская Дума, Контрольно-счетная палата Москвы, а также контрольные органы города Москвы в соответствии с их компетенцией.