Общее руководство деятельностью Совета старейшин осуществляется Мэром Москвы, а непосредственное - председателем Совета старейшин, назначаемым Мэром Москвы.
Председатель Совета старейшин имеет трех заместителей.
Из состава Совета старейшин формируются рабочие группы по следующим направлениям:
- по вопросам экономической политики;
- по вопросам промышленности;
- по вопросам транспорта и связи;
- по вопросам городского хозяйства;
- по вопросам строительства;
- по вопросам имущественно-земельных отношений;
- по вопросам социальной сферы и жилищной политики;
- по вопросам образования;
- по вопросам молодежной политики и спорта;
- по вопросам охраны окружающей среды;
- по вопросам здравоохранения;
- по вопросам культуры;
- по вопросам потребительского рынка и услуг;
- по вопросам совершенствования системы органов исполнительной власти, местного самоуправления и государственной гражданской и муниципальной службы.
Каждая группа имеет руководителя, назначаемого председателем Совета старейшин.
Из руководителей рабочих групп формируется президиум Совета старейшин, который возглавляется председателем Совета.
Организационно-методическую работу Совета старейшин, подготовку его заседаний, материалов и заключений осуществляет секретариат Совета старейшин.
Все вопросы, вносимые на заседания Совета старейшин, рассматриваются коллегиально, рекомендации и заключения Совета старейшин принимаются простым большинством голосов.