Основным исполнителем программы является комитет по здравоохранению Правительства Ленинградской области, соисполнители - территориальные медицинские объединения. Общий контроль за выполнением программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области, курирующий социальные вопросы. Для осуществления оперативного контроля руководители учреждений и служб, участвующих в ней, представляют ежеквартально в комитет по здравоохранению сведения о выполнении мероприятий и финансировании программы. Комитет по здравоохранению ежеквартально направляет информацию о ходе финансирования и выполнения программы в комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области.