Основным исполнителем программы является комитет по здравоохранению Правительства Ленинградской области, соисполнителями - органы местного самоуправления Ленинградской области. Общий контроль за выполнением программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области, курирующий социальные вопросы.
Для осуществления оперативного контроля руководители учреждений и служб, участвующих в реализации программы, представляют ежеквартально в комитет по здравоохранению сведения о выполнении мероприятий и финансировании программы.
Комитет по здравоохранению ежеквартально направляет информацию о ходе финансирования и выполнения программы в комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области.