6.1. Мосгосэкспертизу возглавляет начальник.
Назначение на должность и освобождение от должности начальника Мосгосэкспертизы производится Мэром Москвы.
6.2. Начальник Мосгосэкспертизы:
6.2.1. Несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Мосгосэкспертизу задач и осуществление ею своих функций.
6.2.2. Имеет четырех заместителей, в том числе одного первого, назначаемых (по представлению начальника) Премьером Правительства Москвы.
6.2.3. Определяет функции своих заместителей и руководителей структурных подразделений, утверждает положения об этих структурных подразделениях и должностные инструкции сотрудников, в установленном порядке назначает (как правило, на конкурсной основе) и освобождает их от должности.
6.2.4. В пределах выделенных из бюджета города Москвы средств на содержание Мосгосэкспертизы и разрешенных источников финансирования утверждает и вносит изменения в структуру Мосгосэкспертизы, штатное расписание и должностные оклады работников, а также утверждает Положение о материальном поощрении и выдаче ссуд нуждающимся в улучшении жилищных условий.
6.2.5. Организует планирование деятельности Мосгосэкспертизы по всем видам работ.
6.2.6. Представляет Мосгосэкспертизу во всех организациях, органах государственной власти, судах общей юрисдикции, арбитражных судах, банках без особой на то доверенности.
6.2.7. Подписывает приказы, планы работ и исходящие из Мосгосэкспертизы официальные документы, связанные с экспертизой проектной документации, отчетные данные, другие материалы и документы о деятельности организации.
6.2.8. Распоряжается в установленном порядке имуществом и финансовыми средствами Мосгосэкспертизы, выдает доверенности, обеспечивает осуществление хозяйственной и финансовой деятельности в соответствии с законодательством Российской Федерации и города Москвы.