Общее управление и контроль за ходом реализации Программы осуществляет Межведомственный совет, который координирует деятельность органов исполнительной власти Москвы, учреждений по работе с молодежью, общественных объединений и организаций по реализации подпрограмм, определяет приоритетные направления и обеспечивает контроль за эффективным использованием средств. Межведомственный совет принимает решения по стратегическим вопросам реализации Программы в целом.
Текущее управление и обеспечение реализации Программы, корректировку мероприятий, технико-экономическое обоснование подпрограмм осуществляет рабочая группа, формируемая Комитетом образования по согласованию с Межведомственным советом.