Граница Юго-Восточного административного округа проходит по западной и юго-западной границам полосы отвода пассажирских путей Рязанского направления МЖД (до 17,4 км), далее по городской черте г.Москвы ((на юго-запад, пересекая полосу отвода Рязанского шоссе, по южной границе полосы отвода Рязанского шоссе, южной стороне Лермонтовского пр-та (бывшего Октябрьского проспекта г.Люберцы), западной стороне 4-го Октябрьского проезда города, северо-восточной (1 км на северо-восток) и юго-восточной границам свободной от капитальной застройки территории организации, юго-западной границе полосы отвода Новорязанского шоссе, внешней границе полосы отвода Московской кольцевой автомобильной дороги, включая все транспортные развязки улиц и дорог)), осям: реки Москвы, шлюза 10-11, реки Москвы, старого русла реки Москвы, пр-та Андропова, ул.Сайкина, Велозаводской ул., ул.Симоновский вал и 3-го Крутицкого пер., юго-западной границе пл.Крестьянской заставы, осям: 1-й Дубровской ул., ул.Мельникова и Волгоградского пр-та, западной и северной границам территории мясокомбината, осям: Михайловского пр., Малой Калитниковской, 2-й Скотопрогонной и Нижегородской улиц, юго-западной границе полосы отвода Курского направления МЖД, осям: реки Яузы, Госпитальной ул. и ул.Госпитальный вал до полосы отвода пассажирских путей Рязанского направления МЖД.
В состав округа также входит территория поселка Некрасовка в границе, установленной в соответствии с объединенным решением исполнительных комитетов Московского областного и Московского городского Советов депутатов трудящихся от 09.08.77 N 2194-1132.