Контрольно-счетная палата строит свою деятельность самостоятельно на основе перспективных и текущих планов, которые формируются исходя из необходимости обеспечения всестороннего системного контроля за исполнением городского бюджета с учетом всех видов и направлений деятельности Контрольно-счетной палаты. Планы включают все проверки и другие виды работ с указанием сроков их проведения, ответственных аудиторов и структурных подразделений, необходимого количества специалистов, в том числе привлекаемых на договорной и иной основе.
Проект текущего, годового плана рассматривается Коллегией Контрольно-счетной палаты и утверждается председателем Контрольно-счетной палаты.
Обязательному включению в планы работы Контрольно-счетной палаты подлежат поручения Московской городской Думы и Мэра Москвы.
Обязательному рассмотрению при формировании планов работы Контрольно-счетной палаты подлежат запросы комиссий и депутатов Московской городской Думы, Правительства Москвы.
Внеплановые контрольные мероприятия проводятся на основании специального постановления Московской городской Думы, решения Мэра Москвы или на основании решения Коллегии Контрольно-счетной палаты, утвержденного председателем Контрольно-счетной палаты.