В компетенцию Экспертно-апелляционного совета входят:
1. Обсуждение и разработка рекомендаций по основным проблемам лицензионной политики, экспертиза законодательных и иных нормативно-правовых документов, регулирующих лицензионную деятельность, разработка предложений по изменению перечня отдельных видов деятельности, подлежащих лицензированию.
2. Рассмотрение проектов Положений о лицензировании отдельных видов деятельности, лицензирование которых относится к компетенции органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, с последующим представлением их на утверждение правительства Москвы.
3. Рассмотрение предложений комплексов, департаментов, комитетов правительства Москвы по вопросам лицензионной деятельности о предоставлении льгот соискателям лицензии при оформлении лицензии или продлении срока действия лицензии, с последующим представлением их на утверждение правительства Москвы.
4. Рассмотрение заявлений, претензий и жалоб граждан и юридических лиц на решение органов лицензирования в части отказа в выдаче, приостановления действия, лишения или аннулирования лицензий.
5. Рассмотрение и разрешение жалоб граждан и юридических лиц соискателей лицензий - на нарушения условий лицензионной деятельности и другие неправомерные действия сотрудников органов лицензирования.
6. Анализ состояния и выработка рекомендаций для правительства Москвы по совершенствованию ведения лицензионной деятельности на территории Москвы.