Граница района Капотня проходит: по городской черте г.Москвы (внешней границе полосы отвода Московской кольцевой автомобильной дороги, включая все транспортные развязки улиц и дорог), далее по оси р.Москвы, оси сливного канала, далее на северо-запад до Кузьминского лесничества, по западной и южной границам территории Кузьминского лесничества до МКАД.
В границы района входит также территория Высшего общевойскового командного училища.