5.1. Центр возглавляет директор, назначаемый на должность руководителем Департамента фармации по согласованию с Инспекцией государственного контроля качества лекарств Минздравмедпрома Российской Федерации. С директором заключается письменный договор (контракт), в котором определяются его права и обязанности.
5.2. Директор действует от имени Центра без доверенности в пределах своих полномочий, издает приказы, распоряжения, обязательные для всех сотрудников Центра.
5.3. Представляет в государственных, городских и общественных органах интересы Центра и аптечных предприятий города.
5.4. В пределах выделенных и имеющихся средств разрабатывает штатное расписание, положение о материальном стимулировании работников Центра и вносит по ним необходимые изменения.
Решает вопросы премирования и поощрения работников Центра, установления им надбавок и доплат.
5.5. Директор Центра назначает своих заместителей. Назначает и освобождает от должности, поощряет и наказывает сотрудников Центра.
5.6. В установленном порядке распоряжается фондами, имуществом и средствами Центра:
- обеспечивает соблюдение финансовой дисциплины и защиту имущественных прав и интересов Центра;
- открывает и закрывает счета в учреждениях банка, совершает по ним операции, подписывает финансовые документы;
- заключает договоры и соглашения.