6.1. Руководство деятельностью Фонда осуществляется Правлением и его постоянно действующим исполнительным органом - исполнительной дирекцией, возглавляемой исполнительным директором.
6.2. В состав правления входят: три депутата Московской городской Думы; четыре представителя Правительства Москвы; представитель Главного управления Центрального банка Российской Федерации по городу Москве; один представитель страховых медицинских организаций; два представителя профессиональных медицинских ассоциаций; два представителя страхователей; два представителя профессиональных союзов; исполнительный директор Фонда. *6.2)
6.3. Представитель страховых медицинских организаций направляется в правление Фонда совместным решением не менее двух организаций, обслуживающих, в совокупности, более половины всех жителей Москвы, получивших страховые полисы обязательного медицинского страхования. Представители профессиональных медицинских ассоциаций направляются в правление Фонда совместным решением не менее двух ассоциаций, объединяющих в совокупности более половины профессиональных медицинских работников, работающих в городе Москве. Представители страхователей направляются в правление Фонда организацией, уполномоченной на подписание трехстороннего соглашения от имени предпринимателей. Представители профессиональных союзов направляются в правление Фонда профсоюзом или объединением профсоюзов, уполномоченными на подписание трехстороннего соглашения от имени профессиональных союзов.
6.4. Состав правления Фонда ежегодно утверждается Московской городской Думой после утверждения отчета Фонда. Председатель правления Фонда избирается правлением. Исполнительный директор Фонда назначается Правительством Москвы по согласованию с правлением Фонда.