Департамент входит в комплекс территориального управления. Руководитель Департамента (министр правительства Москвы) назначается и освобождается от занимаемой должности распоряжением мэра Москвы, пользуется правом распоряжения финансовыми средствами, найма, увольнения, взысканий и поощрений работников, подписания финансовых документов, назначения своих заместителей и наделения их полномочиями, издания приказов и распоряжений Департамента и несет ответственность в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации.
Прием на работу в Департамент осуществляется исключительно на контрактной основе. Контракты от имени Департамента заключает министр правительства Москвы.
Приказы и распоряжения руководителя Департамента (министра правительства Москвы) обязательны для исполнения организациями, подведомственными Департаменту, должностными лицами и работниками Департамента.