Основные проблемы создания системы оптовых продовольственных рынков для мегаполисов типа Москвы связаны с определением оптимальной структуры самой системы, включая количество, типы, и местоположение рынков. Необходимо также установить их рациональные размеры и специализацию.
Эти проблемы не могут быть решены изолировано, в рамках проектирования отдельных оптовых рынков. Нужен более широкий подход в перспективе общей градостроительной концепции и комплексного регионального развития. Требуется привлечение органов управления не только Москвы, но и Московской области, поскольку затрагиваются проблемы выделения земельных участков, а также вопросы собственности при формировании акционерного капитала и управленческих структур.
Вместе с тем, ряд проблем требует решения и на федеральном уровне. Товаропроизводители в зонах производства сельскохозяйственного сырья и продовольствия остро нуждаются в поддержке. Кроме того, в этих регионах должны создаваться оптовые рынки производителей (так называемые "распределительные платформы"), способные обеспечить более эффективную загрузку формируемой системы оптовых рынков Москвы.
Для создания системы оптовых продовольственных рынков потребуется изыскать значительные инвестиционные ресурсы (по предварительным расчетам до 4 триллионов рублей) на протяжении 8-10 лет.