1. Министерство возглавляет министр транспорта и строительства Амурской области (далее - министр), замещающий государственную должность Амурской области, назначаемый на должность и освобождаемый от должности губернатором Амурской области.
2. Министр имеет первого заместителя министра, заместителей министра, которые назначаются на должность и освобождаются от должности губернатором Амурской области.
3. В период отсутствия министра его обязанности исполняет первый заместитель министра или один из заместителей министра на основании распоряжения губернатора Амурской области.
4. Финансирование расходов на выплату денежного вознаграждения и дополнительных выплат министра, а также иных расходов, связанных с выполнением возложенных на него полномочий, осуществляется за счет ассигнований, предусмотренных в областном бюджете на содержание аппарата министерства.
5. Министр:
5.1. Осуществляет общее руководство министерством на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на министерство задач и осуществление его полномочий.
5.2. Утверждает в установленном порядке штатное расписание министерства в пределах установленной Правительством Амурской области численности и фонда оплаты труда, а также смету расходов на содержание министерства в соответствии с законом об областном бюджете на соответствующий финансовый год.
5.3. Распределяет обязанности между первым заместителем и своими заместителями, начальниками структурных подразделений министерства и устанавливает их ответственность.
5.4. Вносит в установленном порядке на рассмотрение губернатора Амурской области и Правительства Амурской области проекты нормативных правовых актов по вопросам, входящим в компетенцию министерства.
5.5. Подписывает приказы по вопросам, входящим в компетенцию министерства.
5.6. Учреждает в установленном им порядке Почетную грамоту министерства и Благодарность министра в целях поощрения граждан за высокие достижения в отраслевой сфере деятельности.
5.7. Представляет в установленном порядке особо отличившихся служащих министерства к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, наградами губернатора Амурской области и Правительства Амурской области.
5.8. Осуществляет полномочия представителя нанимателя (работодателя) в отношении государственных служащих (работников) министерства в соответствии с федеральным законодательством, законами и иными нормативными правовыми актами Амурской области.
5.9. Утверждает положения о структурных подразделениях министерства, должностные регламенты и должностные инструкции.
5.10. Открывает и закрывает счета в соответствии с законодательством Российской Федерации, совершает по ним операции, подписывает финансовые документы.
5.11. Без доверенности действует от имени министерства в отношениях с органами государственной власти и местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими и физическими лицами.
5.12. Выполняет иные обязанности в соответствии с правовыми актами и поручениями губернатора Амурской области, Правительства Амурской области.