В рамках реализации государственной программы могут быть выявлены финансовые, техногенные и экологические риски.
Финансовые риски связаны с увеличением бюджетного дефицита, вследствие этого - недостаточным уровнем бюджетного финансирования реализации мероприятий государственной программы. В случае невыделения достаточных ресурсов на реализацию мероприятий государственной программы значения показателей (индикаторов) государственной программы будут значительно ниже оптимальных. Данный риск может быть частично минимизирован за счет более активного использования мер экологического стимулирования хозяйствующих субъектов к реализации природоохранных мероприятий.
Техногенные и экологические риски связаны с тем, что любая крупная природная, технологическая или экологическая катастрофа, вероятность которой исключать нельзя, потребует дополнительных ресурсов по ликвидации ее последствий, что может негативно сказаться на реализации государственной программы. Частично данный риск может быть минимизирован за счет принятия мер по совершенствованию государственного регулирования.