Одной из существенных проблем для Амурской области в водохозяйственной сфере является негативное воздействие вод. Это связано с тем, что населенные пункты области сосредоточены в основном вдоль крупных рек региона - Амур, Зея, Селемджа, Бурея, а также высоким уровнем хозяйственного освоения паводкоопасных территорий.
Повторяемость наводнений на реках области (включая малые) велика и колеблется от 56% до 98%, периодичность катастрофических наводнений один раз в 10 - 12 лет. Большие наводнения, такие как в 1956 - 1958, 1972, 1984 годах, охватывают одновременно огромные территории, причиняют значительный материальный ущерб. Среднегодовой ущерб от наводнений в Амурской области в ценах 2013 года оценивается в 1090 млн. руб., а ущерб от катастрофических наводнений (аналогичных наводнению 1984 г.) - до 21,3 млрд. руб.
Значительный материальный ущерб объясняется отсутствием развитых и эффективных систем защитных сооружений, большинство которых возводилось в период прохождения паводков (1958, 1972, 1984 гг.) в экстренном порядке без разработки проектов, поэтому по своим параметрам они не соответствуют назначению и не могут рассматриваться как капитальные сооружения, пригодные для защиты населенных пунктов.
В годы наивысшего подъема уровней воды в реках области возведены защитные сооружения общей протяженностью 66,8 км. В настоящее время из них частично или полностью размыто и разрушено 5,7 км, в неудовлетворительном состоянии находится сооружения общей протяженностью 23,71 км - 62%.
Немаловажной проблемой для территории Амурской области является и интенсивный размыв берегов рек. Процесс разрушения берегов на селитебных территориях угрожает 137 населенным пунктам. В результате разрушения береговой полосы безвозвратные потери земель составляют до 10 кв. км в год.
Для обеспечения безопасных условий проживания населения, рационального использования территорий, подверженных угрозе наводнений, необходимо возвести 1078,7 км защитных дамб и берегоукрепительных сооружений.
В рамках ранее действующих долгосрочных целевых программ за счет бюджетных средств осуществлено строительство и введены в эксплуатацию защитные сооружения общей протяженностью 20,2 км. Наиболее крупные сооружения для защиты от паводковых вод р. Амур возведены в с. Константиновка Константиновского района и с. Сергеевка Благовещенского района.
В ходе реализации данной подпрограммы предусматриваются завершение берегоукрепительных работ в г. Благовещенске и начало реализации дополнительно проектов по берегоукреплению и инженерной защите от паводковых вод с. Владимировка, с. Орловка, с. Журавлевка, с. Красная Орловка, с. Чесноково и г. Белогорска общей протяженностью 25 км.
К полномочиям субъектов Российской Федерации также относится решение вопросов обеспечения безопасности гидротехнических сооружений, расположенных на их территориях.
За период с 2000 по 2013 год выполнены работы по капитальному ремонту ГТС двенадцати малых водохранилищ, а также восстановлению одной защитной дамбы от паводковых вод.
В текущем году планируется завершить капитальный ремонт ГТС водохранилища "Сковородинское" и защитных сооружений от паводковых вод в с. Ивановка Зейского района.
В настоящее время на территории области находится 8 гидротехнических сооружений, требующих проведения соответствующих мероприятий по предотвращению возможных аварийных ситуаций.
Размещение, переработка и утилизация отходов производства и потребления являются серьезными экологическими проблемами в области. Из-за недостатка в области предприятий и полигонов по переработке, обезвреживанию и захоронению промышленных отходов продолжается накопление их на свалках, золоотвалах, карьерах, что отрицательно влияет на состояние окружающей среды.
В области скопилось до 10,1 млн. тонн различных отходов. В общем количестве отходов на начало 2013 года наибольший удельный вес (97,0%) составили отходы 5 класса опасности (практически неопасные), 2,9% - отходы 4 класса (малоопасные), 0,1% - отходы 1, 2, 3 классов опасности (чрезвычайно опасные, высокоопасные, умеренно опасные).