Общее руководство и контроль за целевым использованием бюджетных средств, а также за ходом реализации подпрограммы осуществляет Минстрой области в соответствии с его полномочиями, установленными законодательством Амурской области.
Государственный заказчик по данным систематического контроля и с учетом выделенных на реализацию подпрограммы финансовых средств ежегодно готовит предложения с уточнением целевых показателей, состава исполнителей и затрат по программным мероприятиям.