Контроль за целевым использованием средств Фондов осуществляется на регулярной основе инвестиционным советом, Контрольно-счетной палатой Москвы, Департаментом финансов и другими контролирующими органами по поручению Московской городской Думы, Мэра Москвы и Премьера Правительства Москвы.
Регулярный контроль за балансом финансовых потоков в рамках системы Фондов осуществляет инвестиционный совет.
Оперативный контроль за движением средств Фондов осуществляется Комитетом.