Непосредственное управление Фондами осуществляет Комитет, который обеспечивает учет поступления и движения средств, а также оформление финансовых вложений, осуществляемых из средств Фондов.
Расходование и пополнение средств Фондов осуществляется на следующих основных принципах:
- финансирование инвестиционных проектов - в рамках инвестиционного фонда;
- аккумулирование и перераспределение средств облигационных займов внутри системы Фондов, а также создание резервов, предназначенных для покрытия рисков, возникающих в заемно-инвестиционной системе - в рамках резервно-операционного фонда;
- покрытие организационных расходов по осуществлению заемно-инвестиционной деятельности, а также налоговых и других обязательных платежей - в рамках фонда обеспечения технологических расходов;
- обеспечение погашения облигаций и обслуживания долга по ним, в том числе покрытие расходов городского бюджета на эти цели - в рамках фонда обслуживания и погашения облигационных займов.
Возмещение расходов городского бюджета в связи с погашением облигационных займов и обслуживанием долга по ним осуществляется за счет части средств фонда обслуживания и погашения облигационных займов, формируемой по нормативам, устанавливаемым инвестиционным советом специально на эти цели как процент целевых отчислений от выручки по каждому из облигационных займов.