Непосредственная ответственность за реализацию проектов возлагается на головных исполнителей программы на 1997 год, через которых осуществляется ее финансирование.
Фонд помощи инвалидам и получившим увечье, заболевание, переоблучение в результате Чернобыльской катастрофы "Чернобыль Надежда" является головным исполнителем по проектам 2, 3, 4; общественная организация инвалидов Чернобыля "Заслон Чернобыля" является головным исполнителем по проектам 5, 6, 8; Московское региональное общественное объединение инвалидов вследствие Чернобыльской катастрофы и других катастроф, аварий и испытаний является головным исполнителем по проектам 1, 7, 9; научная ассоциация инвалидов Чернобыля Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова является головным исполнителем по проекту 10.
Все проекты программы могут страховаться в соответствии с действующим законодательством.
Финансовый контроль осуществляется налоговыми инспекциями города Москвы и Контрольно-счетной палатой Москвы.
Общественный контроль осуществляется общественным экспертно-аналитическим советом Московской городской Думы по направлению "Социальное обеспечение пострадавших от техногенных воздействий".
Программа выполняется в натуральных показателях (проекты 1-10) и предусматривает увеличение расходов в связи с инфляцией.